Éric Fleutelot possède une longue expérience dans le domaine de la santé communautaire, du management de subventions et de programmes. Il a été jusqu’en septembre 2014 directeur général adjoint de Sidaction, ONG française de lutte contre le VIH, en charge des affaires et des programmes internationaux. Puis, à partir de 2014, il a été Conseiller régional en santé mondiale en Asie du Sud-Est, basé à l’Ambassade de France à Bangkok. Il était en charge pour le MEAE de la supervision des investissements français en santé (essentiellement via des contributions multilatérales) et des politiques de santé publique dans 10 pays d’Asie du Sud-Est.

Depuis avril 2019, il dirige le pôle « Grandes pandémies » d’Expertise France qui comprend L’Initiative, une facilité complémentaire du Fonds mondial sida, tuberculose et paludisme. Il manage également le programme SUCCESS, pour la prévention secondaire du cancer du col de l’utérus dans 4 pays, soutenu par Unitaid.